Estableció excelentes relaciones con Francia, su más leal aliado, y con Alemania, gracias a su estrecho parentesco con el emperador Guillermo II; este último fue largamente su consejero de mayor confianza en materia internacional, aunque muy manipulador, resultaba evidente para cualquier operador político más sagaz que el zar, que sus consejos estaban orientados a emplear la influencia rusa para controlar los intereses de otras potencias, muchas veces en beneficio directo de Alemania y socavar la alianza entre Francia y Rusia. A la larga, la influencia nefasta de Guillermo II iba a ser la ruina para Nicolás II. En efecto, los consejos de Guillermo II de ir a la guerra con Japón con nefastos resultados; la oposición durante la Gran Guerra desencadenando graves conflictos internos en el régimen de Nicolás II; el permitir el ingreso de elementos revolucionarios desde sus fronteras al interior de Rusia con propósitos de desestabilización; y cuando la familia Romanov estuvo prisionera, el auspiciar sus intenciones de reinstalar el régimen zarista; más la suma de otros factores internos fueron la ruina y la completa destrucción del zarismo.
En política interior, Nicolás siguió la línea autocrática de sus antecesores, aunque suavizándola un poco, pero más bien al margen de su intervención directa, su país tuvo un proceso de industrialización acelerada que permitió a Rusia entrar en la era moderna, pero que también hizo surgir importantes núcleos obreros en forma de sindicatos. La actividad revolucionaria clandestina, las cuales cobraron ímpetu bajo su abuelo y su padre, seguían acelerándose durante su régimen, culminando con la Revolución de 1905 y posteriormente la Revolución de 1917.
Vladímir Ilich Uliánov, más tarde Lenin, realizó actividades subversivas en San Petersburgo, fue detenido, apresado y exiliado a Siberia. Una vez liberado, se trasladó a Ginebra y Londres para fundar las bases del movimiento comunista.
El alimento para las corrientes revolucionarias como las que encabezarían Lenin, Trotski y otros, eran la carencia de una política social más solidaria de parte de los gobernantes, lo que permitió que se agravaran los grandes problemas históricos del régimen zarista: la pobreza del campesinado, la muy desigual distribución de la tierra y el inexistente acceso a los cargos públicos.Lenin y sus seguidores ingresaron al territorio ruso mediante la ayuda de Alemania quien les dio amplias facilidades para hacerlo, de este modo, Alemania juzgaba con justa razón que Lenin provocaría el derrocamiento del débil gobierno provisional y la rendición de las fuerzas rusas para de este modo enfocar sus fuerzas en occidente, cosa que ocurrió con el Tratado de Brest-Litovsk, y poner en fuga a Kérenski. Al triunfar la Segunda Revolución rusa en octubre de 1917, en la que los bolcheviques —liderados por Lenin— derrocaron al gobierno de Kérenski, el Soviet Central a cargo de Yákov Sverdlov, un personaje perteneciente al círculo íntimo de Lenin, y quien estaba a cargo administrativamente del destino del zar, ordenó primero el traslado a Moscú del emperador depuesto; pero luego se instruyó el traslado de la familia imperial a Ekaterimburgo, que se hallaba bajo control del Soviet de los Urales con apoyo del Ejército Rojo.
El 4 de julio de 1918, ante el avance de la Legión Checoslovaca hacia la ciudad, se temió que estas tropas liberasen a la familia e intentasen restaurar el régimen del zar. Filipp Isaevich Goloshchekin, quien presidía el Soviet de los Urales, se apersonó apresuradamente en Moscú con Sverdlov y planteó el asesinato y encubrimiento ante este último; Sverdlov consultó a la alta cúpula del Soviet Central y la orden fue dada.
Un escuadrón de la policía Cheka al mando de Yákov Yurovski relevó a la guardia de la casa, y el 16 de julio recibió la orden del Soviet de los Urales de fusilar a toda la familia.
La planificación misma del magnicidio in situ fue hecha por Yurovski, quien se reservó el derecho de disparar primero sobre el "verdugo coronado" como se le llamaba a Nicolás II; aparte de Yurovski, la camarilla la componían, Piotr Ermakov y Gregoy Nikulin, todos miembros y asesinos probados de la Cheka.
Un subordinado de Goloshchekin, Piotr Ermakov quien tenía el control del campesinado del Ural, tenía la función de eliminar toda evidencia del asesinato no pudo conseguirse los dos camiones de transporte requeridos hasta el día siguiente. Ermakov además de participar en el pelotón, haría encender los motores de ambos vehículos para ahogar el ruido de los disparos.
El escuadrón estaba compuesto por doce hombres, siete de los cuales eran ex-combatientes húngaros, a cada uno de ellos se les asignó una víctima; dos de ellos se negaron a disparar sobre mujeres y al menos uno de ellos fue deshechado y reemplazado por Ermakov. Los miembros del escuadrón eran Gregori Nikulin, asistente de Yurovsky, Piotr Ermakov asistente de Goloshchekin, Piotr Medveyed, S. Vaganov, Andreas Vergasi, Laszlo Horvath, Víctor Griinfeldt, Imre Nagy, Emile Fekete, Anselm Fischer e Isidor Edelstein.
En la medianoche del 17 de julio el zar junto a los integrantes de la familia fueron llevados al sótano de la Casa Ipátiev donde fueron fusilados, junto a algunos sirvientes cercanos, un médico leal e incluso el perro del niño. El pretexto era que se les iba a tomar una fotografía antes de partir; o se les iba a trasladar. Nicolás II colocó al heredero en sus rodillas mientras tomaba asiento junto a la zarina, las hijas se sentaron atrás y los sirvientes y el médico a los costados, de pie. Pasaron unos instantes y repentinamente entró Yákov Yurovski con revólver en mano y 17 soldados armados con fusiles a la bayoneta.
El zarevich sobrevivió a la primera descarga y fue muerto por Yurovski en el remate de moribundos disparádole dos veces a la altura del oído. Una de las sirvientas que no recibió la primera descarga es perseguida dentro de la habitación y rematada a bayonetazos, e incluso la mascota es muerta de un disparo.
Posteriormente los cuerpos son llevados en camiones y depositados en una mina abandonada.